某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把小新变回了年轻时代，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲。
故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。
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